นายกร ทัพพะรังสี ขึ้นเป็นหัวหน้าพรรคชาติพัฒนาในปี พ.ศ. 2541 หลังจากถึงแก่อสัญกรรมของ พล.อ.ชาติชาย ชุณหะวัณ หลังการเลือกตั้งในปี พ.ศ. 2548แล้ว ซึ่งพรรคไทยรักไทยได้เสียงข้างมาก นายกรได้ลาออกจากพรรคชาติพัฒนาและเข้าสังกัดกับทางพรรคไทยรักไทย

เมื่อถึงคราววิกฤตการณ์การเมืองในประเทศไทย พ.ศ. 2548-2550 เมื่อ พ.ต.ท.ทักษิณ ชินวัตร นายกรัฐมนตรีได้ยุบสภาลงในวันที่ 24 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2549 แล้ว นายกรก็ได้ลาออกจากพรรคไทยรักไทยและทุกตำแหน่งทันทีในวันที่ 25 กุมภาพันธ์ คือวันรุ่งขึ้นเลย และยุติบทบาททางการเมืองไปชั่วระยะหนึ่ง จนกระทั่งเข้ามาเป็นสมาชิกพรรคประชาราช ซึ่งนายเสนาะ เทียนทอง หัวหน้าพรรคประกาศจะสนับสนุนนายกรให้เป็นนายกรัฐมนตรี แต่ในปลายเดือนตุลาคม พ.ศ. 2550 นายกรได้ลาออกจากพรรคประชาราช กลับไปเป็นสมาชิกพรรคชาติไทยอีกครั้ง